Lo strumento è stato realizzato nel 1870 da Carlo Aletti, di scuola varesina ma stabilitosi a Monza dove aveva aperto la sua bottega. L'organo è stato sottoposto ad un paio di interventi di pulitura e accordatura nel 1925 e nel 1933; quest'ultimo disposto in seguito ad alcune infiltrazioni di acqua.

Per molti anni l'organo non è stato utilizzato, e quindi nemmeno curato, cosicché tutte le sue componenti ne hanno fortemente risentito.

Il recente restauro è stato eseguito alla Casa Organaria Mascioni, di Azzio (in Valcuvia, Varese). La sistemazione della parte lignea (cassa organo e balconata) sono invece state affidate alla Artium Restauri di Giuliano Fernando Maggioni, di Erba.

L'argomento restauro è compiutamente trattato nel "progetto" reso di pubblica ragione in occasione della Pasqua 2015 (linkato sotto). La ripresa con la Messa Vigiliare della Immacolata Concezione della Beata Vergine Maria e con un concerto la stessa sera.